اساس کار دستگاه:
فلوسایتومتری سیستمی برای سنجش سلول‌ها یا ذراتی است که در یک جریان مایع حرکت کرده و از جلوی لیزر و یا پرتو نور عبور می‌کنند.
در این سیستم نسبت پراکندگی نور و رنگ فلورسانس شناسایی شده از ذرات اندازه‌گیری می‌شود.
آنالیز و تفکیک سلول بر اساس اندازه و گرانولیتی و خصوصیت فلورسانس سلول که برخواسته از آنتی‌بادی نشاندار شده متصل به آن است، انجام می‌پذیرد.
برای انجام تست‌های فلوسایتومتری سلول‌ها تا حد امکان به صورت منفرد آماده می‌شوند و با فلوروکروم یا آنتی‌بادی کونژوگه با فلوکروم نشاندار می‌شوند.
سپس در محیط مایع مناسبی به دستگاه داده می‌شوند. در اثر برخورد نور لیزر، در صورتیکه سلول‌ها دارای مارکر مورد نظر باشند، سیگنال‌هایی به دستگاه داده می‌شود و به این ترتیب دستگاه اطلاعاتی شامل اندازه، گرانولیتی و داده‌های فلوروکرومی مورد نظر به اپراتور می‌دهد.
در نهایت داده‌های فوق با نرم افزارهای در دسترس، آنالیز می‌شوند.
فلوسایتومترهای نوین از یک سیستم سیال، منبع نور، الکترونیک و کامپیوتر برای تبدیل سیگنال به داده تشکیل شده‌اند.
کاربردهای دستگاه:
ایمونوفنوتایپ سلولی
آنالیز DNA
آپوپتوز ـ نکروز